La FAIP è nata ufficialmente il 29 settembre 1996 per ovviare a una situazione legata a delle applicazioni restrittive della legge 56/89.
Molte scuole psicoterapeutiche storiche, infatti, si trovavano a essere escluse dalla regolamentazione dell’epoca e dall’esser riconosciute. Viceversa questa legge aveva incluso, e quindi riconosciuto, le prime 36 scuole realizzate su modelli preesistenti, classici, spesso unicamente legate ai mondi accademici.
Questo riconoscimento avvenne entro il 1993, anno in cui la commissione del MURST si dimise vincolando il successivo riconoscimento di altre scuole fino al 2000.

Allora le scuole riconosciute si organizzarono per controllare il mercato totale della formazione psicoterapica, lasciando scoperte molte altre scuole storiche che a quel punto si unirono per fondare la FAIP. Immediatamente dopo, nel 1997, venne fondata la FIAP che raggruppava invece le nuove scuole riconosciute che ora pretendeva di rappresentare da sola la psicoterapia in Italia. Così dopo molte diatribe e dopo tanto tempo, la psicoterapia in Italia viene ora rappresentata in maniera paritaria dalla FIAP e dalla FAIP.

Il seggio al direttivo dell’ EAP (European Association Psychotherapy) viene mantenuto dalla FIAP con la supervisione di un osservatore della FAIP per sancire una sorta di accordo paritario.
Nel frattempo è stata nominata una nuova commissione che ha riconosciuto anche tutte le scuole della FAIP.

Alla luce delle esigenze diffuse di proporre modelli di lavoro ed intervento sulla persona non burocratici è nata la necessità di accreditare e diffondere il counseling da parte della FAIP. In prima istanza, infatti, questo ruolo era stato affidato alla SiCo (Società Italiana Counseling), appoggiata anche dalla FAIP. Questa associazione si è però mostrata troppo centralizzata e burocratizzata non riuscendo più a rispondere alle esigenze del counseling. La FAIP ha pertanto deciso di istituire al suo interno una Commissione Counseling al fine di gestire l'iscrizione del Registro dei Counselor presso il CNEL. Nel frattempo sono nati altri registri di counselor presso il CNEL con i quali la FAIP ha firmato un protocollo di reciproco riconoscimento organizzato sulla base degli standard internazionali della European Association for Counseling e della National Board for Certified Counselors .

Lo scorso hanno la FAIP è diventata Full Membership della E.A.C.